Svakim odjelom zajednički upravljaju međunarodni i nacionalni stručnjak ili stručnjak za pojedino polje. Svi voditelji odjela povezani su s renomiranim akademskim i javnim institucijama u Hrvatskoj i svijetu koji će pridonijeti osiguravanju kvalitete programa.
Izvršni odbor surađuje s nacionalnim i međunarodnim savjetodavnim odborom koji je sastavljen od priznatih stručnjaka u svojim poljima.
Skupština Instituta nadgleda rad Izvršnog odbora.
Institut ima šest tematskih područja koji su strukturirani po odjelima:
“Institut Pharos povezuje povijesno sa suvremenim s pogledom na ono što želimo ostaviti budućim generacijama... Riječ je o prošlosti, sadašnjosti i nastajanju.”
Institut uspostavlja široku partnersku mrežu s različitim nacionalnim i međunarodnim institucijama, sveučilištima, nevladinim organizacijama te gospodarskim subjektima. U tu svrhu, Institut trenutno razvija partnerstva s:
